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TRlnc:整合了长链非编码RNA调控信息的数据库

2020-09-29

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LncRNA是一类转录长度超过200 nt,高级结构保守的非编码序列,因缺少有效开放读框而很少编码或不能编码蛋白质。近年来随着二代测序技术的发展,研究表明lncRNA肿瘤发生发展、神经科学和个体发育等许多生物学领域发挥着重要作用,是人类基因组重要的调控分子。LncRNA可通过与蛋白质、DNAmicroRNA相互作用,在表观遗传、转录水平或转录后水平等调控基因表达,并参与染色质核内运输、原癌基因活化调节、免疫细胞分化和免疫系统调控等重要过程。目前关于lncRNA启动子区域内发生的故事已经被研究的很清楚了,然而随着增强子、超级增强子等DNA调控元件的出现,我们发现这种远端调控在lncRNA发挥功能的过程中同样扮演着重要的角色。

为给科学界对人类长链非编码RNA (lncRNA)全面调控信息的查询便利,哈尔滨医科大学大庆校区李春权课题组的李衍钰在李春权教授的指导下开发了TRlnc:一个整合了人类长链非编码RNA (lncRNA)全面调控信息的数据库。目前文章已经BIB杂志收录

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图:TRlnc首页

TRlnc现阶段包含了91,906个人类lncRNA,以及这些lncRNA相关的8,683,028个增强子/超级增强子和32,348,244个染色质可及性区域。并且提供了lncRNA转录调控区域(启动子、增强子/超增强子、染色质可及性区域)内的遗传和表观遗传信息。

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除此之外,TRlnc提供了以下五种搜索方式以及一个分析工具,具体如下:

1. lncRNA搜索Search by lncRNAs

2. TF搜索Search by TF

3. SNP搜索Search by SNP

4. 搜索enhancer区域相关的lncRNAs(Search enhancer associated lncRNAs by genomic region)

5. 搜索染色质可及性区域相关的lncRNAs(Search chromatin accessibility associated lncRNAs by genomic region)

6. lncRNA相关的通路分析LncRNA associated pathway analysis

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